经历千辛万苦，郭靖（郭追 饰）和黄蓉（黄淑仪 饰）终于回到桃花岛，然岛上已是一片肃杀景象。二人发现，黄蓉母亲的墓穴被人打开，江南七怪染血其中，死状凄惨。根据现场留下的线索以及大师傅飞天蝙蝠柯镇恶的证言，郭靖认准是黄老邪杀死了几位师傅，遂不顾黄蓉劝阻，与全不知情的黄老邪刀剑相向。另一方面，西毒欧阳锋和杨康亦在岛上出现，聪慧的黄蓉在铁枪庙戳穿二人的阴谋，并揭发杨康毒害欧阳锋之侄的真相。杨康恼羞成怒，攻击黄蓉时不慎中毒身亡。穆念慈万念俱灰，将尚在襁褓的幼子托付给黄蓉后亦随杨康而去。

杨过，一个被世人称为「怪侠」的传奇人物，因其师从古墓派小龙女，故又被称为「神雕大侠」。

杨过自幼父母双亡，寄居于全真教，受尽白眼与欺凌。他因缘际会认识了古墓派的传人小龙女，并拜其为师。后因种种误会，他被逐出全真教，流浪江湖。

杨过与小龙女在一次误会上分手，杨过悲痛欲绝，誓要寻回小龙女。在寻觅的过程中，他结识了大侠郭靖和黄蓉，并与他们结为好友。

郭靖和黄蓉得知杨过与小龙女的爱情，深为感动。他们帮助杨过寻找小龙女，并撮合他们重逢。

然而，小龙女早已被公孙止玷污，难以自容。她不愿拖累杨过，遂跳下绝情谷。杨过悲痛之余，也随小龙女跃下谷底。

在绝情谷底，杨过意外获得奇遇，习得了一身绝世武功。他重出江湖，以「神雕大侠」之名除暴安良，行侠仗义。

此时，蒙古大军入侵南宋，杨过与郭靖等大侠联合起来，共同抗击外敌。杨过凭借高强的武艺，屡立奇功，成为抗蒙英雄。

在一次战斗中，杨过重伤昏迷，被郭靖和黄蓉救回襄阳城。小龙女得知杨过受伤，赶来襄阳照料。

经过长时间的疗伤，杨过终于苏醒。他与小龙女团聚，喜极而泣。

最终，蒙古大军被击退，南宋保全。杨过与小龙女隐居于古墓，过着神仙眷侣般的生活。

电影《神雕侠侣》以杨过和小龙女的爱情为主线，讲述了杨过从一个孤苦伶仃的少年成长为一代大侠的传奇故事。

在影片中，杨过和小龙女的爱情既缠绵悱恻，又荡气回肠。他们经历了无数的磨难和波折，但始终坚守着自己的爱情。

除了爱情主线，电影还塑造了一群性格鲜明的人物形象，如郭靖、黄蓉、周伯通、金轮法王等。他们共同谱写了一曲荡气回肠的武侠史诗。