海岛渔民邵风和朋友一起在海上意外捕获一只形态奇异的小章鱼，从而引来了基因公司老板和另外一股神秘集团的追踪。邵风与科学研究者女友刘子墨也被迫卷入这场风波，一齐遭到了巨型变异章鱼对人类的攻击。为了维护海洋生态和平邵风与子墨联手，决心阻止人类贪婪的基因实验计划..........

在浩瀚无垠的太平洋深处，潜伏着一只远古巨兽——大章鱼“利维坦”。这只庞然大物体重超过50吨，触手展开可达100米，是海洋中最可怕的掠食者之一。

故事从一艘名为“捕鲸者号”的捕鲸船开始。船长阿哈布是一个老练的捕鲸人，他曾因与利维坦的一场激战而失去了一条腿。从此，复仇的火焰便在他心中熊熊燃烧。

一天，阿哈布收到一名神秘水手的消息，称利维坦出现了。阿哈布兴奋不已，他召集了船员，准备前往猎杀这只巨兽。

途中，捕鲸者号遇到了另一艘名为“皮阔德号”的捕鲸船。皮阔德号的船长艾哈布也是一位经验丰富的捕鲸人，但他更加冷静谨慎。艾哈布警告阿哈布不要执着于复仇，但他被阿哈布的决心所打动，同意加入他的猎杀。

两艘船继续向利维坦的巢穴进发。他们在途中遇到了各种危险，包括暴风雨、巨浪和食人鲨。船员们开始变得紧张不安，但阿哈布仍然坚信不疑。

终于，两艘船在一片黑暗的深海中发现了利维坦。利维坦巨大的身躯从水中缓缓浮出，它那闪烁着邪恶光芒的眼睛盯着捕鲸者号。

阿哈布命令船员们发动攻击，他们拿出鱼叉、火枪和炸弹，向利维坦发起猛攻。利维坦用它那强有力的触手回击，将捕鲸者号的船身撞得支离破碎。

皮阔德号也加入了战斗，艾哈布用一块尖锐的鱼叉刺进了利维坦的头部。利维坦痛苦地咆哮着，用触手将皮阔德号缠得粉碎。

阿哈布的执着终于引来了悲惨的结果。利维坦将捕鲸者号和皮阔德号都拖入了深海，船员们全部葬身鱼腹。

只有阿哈布幸存了下来，他紧紧抓着利维坦的头，被拖进了深不见底的黑暗中。

故事的结尾，利维坦消失在黑暗中，阿哈布的复仇梦也化为泡影。海洋恢复了平静，但大章鱼“利维坦”的传说却永远流传了下来。