公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。本作根据1995年动画电影《GHOSTINTHESHELL》改编，系剧情不变、画面完全重制的作品。

电影《攻壳机动队2.0》剧情介绍如下：

电影的故事发生在《攻壳机动队》的世界观之下，设定在遥远的未来，随着科技的发展，人类的大脑开始与网络融合，人们的身体成为“攻克巴蒂斯塔”，肉体死亡之后意识能够以“攻壳”的形式继续存在。电影讲述神山公安九课接到了一个非常麻烦的案件，谜一样的委托人代码邀请公安九课寻找一个名为安尼乌斯的人。随后与本作品的第一部故事息息相关的老故事情节又再度重演，大批失去意识的人类——“攻壳”接连失踪。公安九课和作为本片主角的网络警察草薙素子、巴蒂斯塔希维斯少年唐德·霍洛韦一同展开调查。在追查过程中，他们发现失踪的攻壳似乎与百年前就已消失的神秘宗教组织“安尼乌斯”有着千丝万缕的联系。同时公安九课的成员们还不断遭遇来自幕后黑手的神秘黑客攻击和幻觉困扰，这些都使故事变得错综复杂起来。与此同时，在AI、人工智能等前沿科技的背景下，新人类、网络犯罪、智能犯罪等问题逐渐成为人们关注的焦点。草薙素子面对这些问题深感忧虑，同时公安九课的成员们也在寻找攻壳的行动中不断发现新的问题和挑战。最终，公安九课揭露了安尼乌斯组织与神秘黑客之间的勾结，并成功破解了神秘黑客制造的幻觉，找到了失踪攻壳的真相。然而随着案件的解决，新的困惑和问题又接踵而至。公安九课发现安尼乌斯组织的背后藏着人类技术无法解释的存在——通过穿越虚拟和现实空间的网络黑客帝国能够实现的更加先进智能犯罪所带来的后果却使所有人惊恐不已，这些问题远远超出了他们过去的理解范畴。他们深知肩上的责任更重了，世界变得危机四伏。随着攻壳事件解决后的几天，新类型的犯罪在全球各地发生了，攻击对象主要是拥有攻壳的网络技术人，目标也是将网络犯罪、现实犯罪合为一体成为新类型犯罪的新手，随着世界各地警方与网络技术人共同应对这一危机局面却无果而终。而在这个过程中草薙素子也逐渐被逼入绝境之中，就在此时巴蒂斯塔希维斯发现这一切似乎都与两年前自杀身亡的妹妹有关……最终公安九课将这场网络黑客帝国推翻，彻底解决了一场网络犯罪危机。

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