“我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界来的人、超能力者，就尽管来找我吧！以上。”这位就是在开学的自我介绍中，发言惊爆的凉宫春日。对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她，创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团，通称SOS团。虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来，但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。

动漫《凉宫春日的忧郁2009》剧情介绍如下：

第一话：长门有希的消失。凉宫春日突然消失，引起SOSU们的惊慌，阿虚也因为春日的消失而感到寂寞，决定寻找春日。在寻找的过程中，阿虚遇到了神秘的少女长门有希，并得知她与凉宫春日的过去有关。

第二话：凉宫春日的梦。阿虚做了一个梦，梦到自己和SOSU们进入了二次元世界，他们开始对这个新的世界感到好奇和兴奋。同时，在现实世界中，长门有希与朝比奈和谷口交谈，似乎对二次元世界的情况有所了解。

第三话：灵魂的拯救者。阿虚在二次元世界中遇到了神秘的拯救者，他自称是灵魂的拯救者，并告诉阿虚，凉宫春日并非敌人，而是他们要拯救的目标。拯救者还提醒阿虚，拯救凉宫春日需要付出代价。

第四话：消灭虚无的东西。阿虚在寻找凉宫春的过程中，发现了一个名为“虚无”的东西，它似乎是阻止凉宫春回到现实世界的障碍。阿虚和长门有希一起努力，试图消灭这个“虚无”的东西。

第五话：长门有希的记忆。长门有希向阿虚透露了凉宫春日的秘密，并回忆起自己过去的记忆。原来长门有希是来自未来的神秘人物，她与凉宫春日之间有着特殊的联系。

第六话：消灭与新生。在SOSU们的努力下，终于找到了可以通往现实世界的钥匙——消灭神秘物品“无所不能”，但是在这个过程中阿虚与长门发生了冲突并即将对峙的时候，凉宫春日成功被大家唤醒，凉宫春日说她听到了一个声音告诉她不能回去，那个声音说：“这是他们的试炼。”于是凉宫春日决定留下来帮助大家消灭“无所不能”。

第七话：凉宫春日的退隐。消灭了“无所不能”后凉宫春日消失了，但是长门有希却留下了并成为了SOSU的一员。SOSU们的生活恢复了平静，但是他们知道凉宫春日永远留在了他们的心中。

第八话：超越时空的少女们。在最后一集中，SOSU们得知凉宫春日消失后去向一个神秘组织挑战穿越时空的少女们，并且战胜了她们并把那个组织打败了。然而，SOSU们并没有看到胜利的那一刻，因为团长消失了！虽然团长消失但大家知道团长还活在他们的心中，也把团长的精神一直延续下去！

总体来说，《凉宫春日的忧郁2009》的剧情延续了原作的设定和风格，以轻松搞笑的方式呈现了一个充满奇幻和冒险的校园故事。该动漫通过凉宫春日的消失和寻找，展现了SOSU们之间的友情和团队精神，同时也探讨了时空、心灵和拯救的主题。整个故事情节紧凑，角色塑造鲜明，是一部值得推荐的校园动漫作品。