故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子 配音）。绝对不相信有超自然力量存在的玛雅，此行便是为了调查父亲里奇的死因而来，这样的她，遇见了一位名叫内田文明（水岛大宙 配音）的神秘男子，刚刚登场的内田，便说出了让玛雅吃惊的话语，他居然来自未来的2012年！　　这个形迹可疑的男子的话能够相信吗？2012年的世界是怎样的景象？一连串意外让玛雅逐渐相信了内田的说辞，而内田究竟为何而回到过去，这原因也渐渐的浮出了水面。

动漫《世纪末超自然学院》剧情介绍如下：

故事主要围绕着超自然现象和一群特殊的学生展开。在这个世界里，超自然现象的存在已经广为人知，甚至成为了一种学术研究。本作的主角们是一群热衷于超自然研究的年轻学生，他们因为各种原因来到了一个特殊的学院，开始了他们的学习生涯。

这个学院与众不同之处在于，它不仅教授超自然的理论知识，还致力于将这些理论付诸实践。学生们需要解决各种超自然事件，以此来证明学院的学术价值。故事的主要情节便围绕这群年轻学生展开，他们在学院中学习、成长，同时也在各种事件中不断发掘自己的潜能，逐渐理解超自然现象背后的深层含义。

具体情节介绍如下：

主角们是一群来自不同背景的年轻学生，他们因为对超自然的浓厚兴趣而聚集到了这个学院。他们每个人都有自己的特点，有的天生拥有超凡的感知能力，有的则在理论知识上有过人的理解力。他们之间的关系从最初的彼此怀疑和猜忌，到后来的团结和信任，经历了许多磨难和考验。

故事中的超自然现象并非单纯的鬼怪妖怪，而是一种超越人类理解范畴的能量、信息或物质形态。这些现象可能以各种形式出现，如幻觉、梦境、幻听等。主角们通过学习和实践，逐渐掌握了如何解读这些现象，并从中获取有价值的信息。

在学院中，学生们不仅要面对各种超自然事件，还要应对来自其他学生的挑战和竞争。他们通过团队合作和智慧，一次次地战胜了挑战，赢得了尊重和信任。同时，他们也在彼此的交流和互动中，逐渐发现了自己内心的成长和变化。

剧情中还穿插了一些情感线，如主角们之间的友情、亲情和朦胧的爱情。他们在共同经历各种事件的过程中，逐渐发现了彼此的优点和特长，也意识到了自己内心的变化。这些情感线为故事增添了许多温情和感人的瞬间。

在故事的高潮部分，学院会面临一些重大的挑战和考验。这些挑战可能来自外部势力，也可能来自学院内部的矛盾和纷争。主角们需要团结一心，发挥自己的潜能，共同应对这些挑战。在这个过程中，他们不仅会发现自己的成长和变化，也会对超自然现象有更深入的理解和认识。

最后，故事以主角们的成长和学院的发展为结局。他们不仅在学术上取得了显著的成就，也在情感上得到了成长和收获。而学院也因为他们的努力和贡献，成为了超自然研究领域的一座重要里程碑。

总的来说，《世纪末超自然学院》是一部充满奇幻和悬疑的动漫作品。它通过一群年轻学生的视角，展现了超自然现象的神秘和奇妙，同时也传递了友情、成长和团结的主题。这部动漫不仅适合喜欢超自然题材的观众观看，也适合那些对成长、友情和爱情有所追求的观众欣赏。