第一季的最后一集，当迈克（文特沃斯•米勒 Wentworth Miller 饰）和林肯（多米尼克•珀塞尔 Dominic Purcell 饰）他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时，飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。逃脱的囚犯们只能望天长叹，于是，他们各自展开了逃亡生涯。　　FBI追捕逃犯的资深探员马宏在副总统的授权下成为捉捕小组的主管，他决定逐个击破。另一方面，莎拉的父亲因为林肯这起案件而遭灭口，她开始相信麦克了，并从父亲的遗物那里获得蛛丝马迹；副总统的手下Kellerman 前往捉捕林肯的儿子LJ准备拿他当人质时，将LJ一家都杀死了，而却被LJ意外逃脱；一直帮助林肯的律师掌握到了越来越多的线索……一切阴谋似乎都在慢慢揭开。

《越狱第二季》延续了第一季的紧张氛围和扣人心弦的剧情，继续讲述主人公迈克尔·斯科菲尔德（MichaelScofield）在狱中为了营救被不公正对待的哥哥林肯·伯洛斯（LincolnBurrows）而展开的故事。以下是《越狱第二季》的剧情介绍：

第二季的故事从第一季结局处展开。迈克尔和林肯逃脱了福克斯河州立监狱，但他们并没有得到真正的自由。他们必须继续逃亡，以避开联邦调查局的追捕，同时寻找一个神秘人物“欧冠”。在这一过程中，他们发现了一个庞大的政治阴谋，涉及到政府高层和各种权力机构。

同时，迈克尔和林肯并不是唯一在逃的人。他们与其他越狱者和不同背景的人们结成同盟，互相帮助，共同面对各种挑战。这其中包括了他们在监狱中认识的人，比如提提·巴格维尔（T-Bag）和弗雷迪·普林斯（FernandoSucre），以及新认识的人，比如莎拉·坎菲尔德（SaraTancredi）和亚历山大·马洛恩（AlexanderMahone）等。

莎拉·坎菲尔德是一名医生，曾在福克斯河州立监狱工作，她因为帮助迈克尔和林肯逃脱而成为了通缉犯。但她对迈克尔产生了感情，因此选择了加入他们的行列，帮助他们寻找真相。

与此同时，亚历山大·马洛恩是一名联邦调查局特工，他被委以重任，追捕逃犯。但在追捕的过程中，他逐渐发现了政府内部的阴谋，并开始怀疑自己所服务的组织。最终，他选择了站到了迈克尔和林肯的一边，成为了他们的盟友。

在逃亡的过程中，迈克尔和林肯经历了种种挑战和危险，但他们始终没有放弃对真相的追求。他们逐渐揭开了一个个谜团，发现了一个个阴谋，并最终揭露了隐藏在政府背后的黑暗势力。

《越狱第二季》通过扣人心弦的剧情和精彩的表演，展现了正义与勇气的力量，同时也探讨了权力和利益的边界，引发了观众对社会和政治问题的深思。