《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。第二季STAFF和声优会由原班人马担任，“钉宫之誓”依旧强势走高。　　夏天结束后，新学期开始了　　许多事物没有任何变化，但是同时也有不少事情逐渐发展着…　　池和吉田，绪方和田中之间产生了些许微妙的关系　　还有在我身旁，飘逸着长发的夏娜…　　但是，这一切似乎有着一丝奇怪的违何感　　在我们所不知道的地方，红世之徒再次展开了行动…

《灼眼的夏娜》第二季延续了第一季的故事，继续讲述了主人公坂井悠二与“火莲”夏娜之间的战斗与情感纠葛。故事发生在一个由神秘存在支配的平行世界，名为“另一宇宙”。

在第二季中，悠二和夏娜的关系更加紧张，因为夏娜发现悠二已经忘记了他们曾经的相遇和经历。悠二的记忆被重写，而他现在认为他的生活是平淡无奇的。夏娜感到愤怒和失望，但她仍然决心保护这个世界免受“存在消失”的威胁。

在这一季中，夏娜与悠二一起对抗更强大的敌人，并试图阻止他们摧毁另一宇宙。同时，夏娜也必须面对自己内心的挣扎，她意识到自己对悠二的感情已经超越了简单的战友关系。

与此同时，悠二也开始逐渐恢复记忆，他渐渐意识到自己与夏娜之间的特殊联系，以及他在保护这个世界中的角色。

整个季节充满了紧张的战斗场面、情感纠葛和角色之间的成长。最终，夏娜和悠二团结一致，成功击败了敌人，拯救了另一宇宙，并且他们的关系也变得更加紧密。

《灼眼的夏娜》第二季不仅是一部充满动作和奇幻元素的作品，还深入探讨了友情、爱情和自我成长的主题，使得观众在欣赏故事的同时也能思考人生的意义和价值。