自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

动漫《魔法禁书目录第一季》的剧情介绍如下：

故事简介：这是一个包含了超能力者的学园都市，其中，故事的主人公上条当麻是在学园都市中以爱逞强的男子。某天早上，在都市的各个角落忽然出现了异现象，出现的是各种各样被称为“天使”的物体。上条被其中一位天使的“触手”拉住，之后他遇见了一位神秘女子，茵蒂克丝。她宣称是他的眷属，还把他强制带到某个地方。上条与各种“天使”相遇，之后被卷入了某项计划当中。这就是对学园都市所有学生来说都是最大的危险——“幻想杀手”所带来的惊动，进而展现出的某个世界最大的“偶然”。为了成为对这种突发情况的应对措施而构建一个由8个女中学生为中心的学生支配网……魔法禁书目录的世界是基于一个因大魔法泄露而引起世界大战后的一百年。这是一个科学侧与超能力侧并存的世界，主角上条当麻就生活在这样的一个世界中。

主要剧情：上条当麻的名字在学园都市中并不出名，他是一个爱逞强的少年。某天早上，都市的各个角落出现了异现象，被称为“天使”的物体出现。上条被其中一位天使的“触手”拉住，之后他遇见了一位神秘女子茵蒂克丝。茵蒂克丝宣称是他的眷属，把他强制带到某个地方。那里原来是学园都市最大，同时也是最具毁灭性的兵器——学园都市最强的防御系统“障碍消除装置”，被称为“幻想杀手”的系统。上条偶然获得了一样拥有封印之物系统识别名“天使圣域”，这是对学园都市所有学生来说最大的危险——“幻想杀手”所带来的惊动。因为系统没有完成就离开了开发人员之手，于是他们只能寻找拥有超能力或魔法的少年少女们去培养他们使用这些力量对抗学园都市上层人士来维护系统封印。这就是主角上条被诱入超自然现象而踏入的大坑——无论何处都存在的超出理解范畴的事件。“幻想杀手”的主要工作是对抗、破坏或者阻止超出能力者的灵装以及大规模超能力失控、危机状态解除等等状态。　与此同时当麻的感情变化也在经历各种各样的灵异事件的过程中有很深的发展和变化。

在第一季中，上条当麻和茵蒂克丝在警戒者们的保护下逃出学园都市，并一起前往了与学园都市隔街相望的某所高中。在那里他们遇到了御坂美琴，并一起开始了新的生活。然而，随着对科学与魔法世界的研究深入，他们也逐渐揭示出更多危险的真相和阴谋。此外，他们之间的关系也在逐渐发展变化中，从最初的不情愿到后来的深陷其中，再到最后的深深相爱。

总结来说，《魔法禁书目录第一季》是一部充满神秘、冒险和爱情的故事。它以一个看似普通但实则充满未知的世界为背景，通过主角上条当麻的视角，展现了科学与魔法并存的世界的复杂性和危险性。同时，它也描绘了主角们之间的感情变化，以及他们在面对困难和挑战时的勇气和决心。这部动漫不仅是一部引人入胜的冒险故事，也是一部关于爱情、友情和成长的感人故事。