该剧由来自《迷失》的制片人组合J.J. Abrams和Bryan Burk打造。　　第二季的故事紧接着第一季，在Finch（迈克尔·爱默生 Michael Emerson 饰）被神秘的Root小姐绑架以后，“西装男”John Reese（詹姆斯·卡维泽 James Caviezel 饰）只得求助于他在纽约警局凶杀科的侦探朋友们Carter（塔拉吉·P·汉森 Taraji P. Henson 饰）以及Fusco（凯文·查普曼 Kevin Chapman 饰）的帮助，经过缜密调查，终于将Finch救出，却被Root逃脱。看似恢复如初的生活，其实暗藏危机。除了，一心想要把Finch的程序公开化的Root以外，他们还要找出HR真正的幕后黑手。另一方面，联邦调查局和中央情报局都在不遗余力地想要找出John。只要机器存在一天，这个城市仿佛从来不让他们休息......

第二季的《疑犯追踪》延续了第一季的紧张氛围和扣人心弦的剧情，故事主要围绕着前CIA特工约翰·里斯（JohnReese）和计算机天才哈罗德·菲尼克斯（HaroldFinch）以及他们的团队，利用一台能够预测犯罪的超级计算机展开。以下是第二季的主要情节：

第二季开始，哈罗德和里斯继续使用“机器”这一超级计算机来阻止犯罪活动。他们的目标是找到机器所提供的社会安全号码背后的人物，并在犯罪发生之前采取行动。

然而，与前一季相比，第二季的剧情更加复杂和扣人心弦。除了每集中解决的个别案件外，整季还涉及了一些更大的故事弧线。

其中一个主要的故事弧线是有关“机器”的起源和哈罗德的过去。观众逐渐了解到，哈罗德创建“机器”的初衷是为了预防恐怖袭击，但“机器”却被政府利用来进行监视。这一发现引发了哈罗德和他的团队对道德和个人隐私权的思考，同时也引发了与政府机构之间的冲突。

另一个重要的故事弧线是关于里斯和他的过去。在第二季中，里斯的个人背景逐渐浮出水面，观众了解到他曾是一名CIA特工，但在一次任务中失去了他的上司和未婚妻。这个背景使他成为了一个深受创伤的人物，但也驱使他继续与哈罗德合作，帮助那些无助的人。

此外，第二季还引入了一些新角色和反派，包括负责监视“机器”的政府代表和其他黑客组织。这些角色的出现为剧情增添了更多的复杂性和紧张感。

总的来说，第二季的《疑犯追踪》延续了第一季的成功，并通过更深入的剧情和角色发展，为观众呈现了一个更加引人入胜的故事。