一百多年前，中国少林武学家武天行，在日本扩广少林武学，却惹起日本四大御前侍卫家族的挑战，武天行连败三家，最后与千叶家门主千叶奔雷一场惊天动地的大战后，千叶奔雷战败，但心有不甘，希望再与武一战，武天行敬重他是真正的武者，答应雷，就算自己死了，他的子孙亦会接受挑战。一百年后，千叶家的子孙千叶归一四处寻找 武家子孙的下落，不断挑战少林派武馆，而归一一直只知练武报仇，连维生之道亦不懂，弄至要行乞度日。而武家传人武道一，在一渔村与自幼相识的子慧在同一豆腐店工作，道一则在店的天井内开设武馆，可惜多年来，只有一人拜师学艺。道一父亲临死前告戒不可以动武，更把一佛珠交给一，要他出手时三思。

《日本少林》是一部兼具武侠与历史题材的电影，以其独特的叙事风格和深刻的文化内涵吸引了众多观众。影片讲述了一个跨越中日两国的故事，融合了武术、友情和复仇的元素，深刻探讨了东方文化和哲学的精髓。以下是该片的剧情介绍：

故事背景设定在19世纪末的日本，当时正值明治维新时期，日本社会面临着巨大的变革。主人公是一位年轻的武术爱好者和哲学追寻者，名叫松本清兵卫。清兵卫自幼丧父，由母亲独自抚养长大，对武术有着深厚的兴趣和天赋。他在本地的一位老师指导下，学习了传统的日本武术，同时也对中国的少林武术产生了浓厚的兴趣。

清兵卫在一次偶然的机会下，结识了一位来自中国的武术大师，名叫李少林。李少林是一位隐居在日本的中国武术高手，他深藏不露，为人低调，却对清兵卫展示了非凡的武术造诣。两人在一次武术比武中结为好友，并且清兵卫得知了李少林的身世秘密：他是一名来自中国少林寺的僧侣，因为种种原因来到日本，并决心在此隐居终老。

然而，平静的日子并没有持续太久。一个来自清兵卫家乡的武术恶棍，名叫田所大吉，出于私利和复仇心理，开始挑战清兵卫及其老师，并且不惜采用卑鄙手段来对付他们。田所大吉的背后有着黑暗势力的支持，他们希望通过混乱和破坏，扩展自己在地方上的权势。

清兵卫和李少林面临着前所未有的考验。他们不仅仅是在为个人的荣誉而战，更是在捍卫正义和保护无辜的生命。在斗争的过程中，清兵卫逐渐领悟到了武术背后深刻的哲理，体会到了友情和信念的重要性。李少林也在帮助清兵卫成长的同时，重新审视了自己一生的选择和信念。

最终，清兵卫和李少林联手，以其超凡的武术技艺和智慧，击败了田所大吉及其背后的黑暗势力。正义最终战胜了邪恶，清兵卫也在这一过程中成长为一个真正的武者和哲学家。

影片通过深刻的角色刻画、精彩的武打场面和富有哲理的情节，展现了东方文化中关于武道、友情和正义的核心价值。它不仅仅是一部动作电影，更是一次关于文化认同和个人成长的感人旅程。